Un aspetto fondamentale della vita monastica è quello liturgico, legato anche alla musica e al canto. Il convento aveva un rapporto privilegiato con il Pio Ospedale degli Esposti di Bologna, da dove provenivano le organiste che si monacavano per svolgere tale attività.
Nel Monastero di S. Maria Maddalena era presente un ricco fondo musicale, comprendente sia copie di opere famose, come ad esempio lo Stabat Mater di Giovanni Battista Pergolesi, sia composizioni appositamente create per la comunità monastica, oltre a spartiti provenienti dai conventi del Buon Gesù di Ostra e da quello di San Domenico a Belvedere Ostrense.